Исследователи из Университета Барселоны обнаружили следы коронавируса в образцах, датируемых мартом 2019 года

Новый коронавирус SARS-CoV-2, возможно, был в Европе дольше, чем считалось ранее. Недавние исследования показали, что он циркулировал в Италии еще в декабре 2019 года. Более удивительно, что исследователи из Университета Барселоны обнаружили следы вируса при тестировании необработанных образцов сточных вод от 12 марта 2019 года.

Исследование было недавно опубликовано на сервере препринтов medRxiv. В настоящее время статья подвергается критической рецензии сторонними экспертами при подготовке к публикации в научном журнале. До тех пор, пока этот процесс экспертной оценки не будет завершен, к свидетельствам следует относиться с осторожностью.

Содержание:

1. Как проводился эксперимент, и что обнаружили ученые
2. Не очень специфичный
3. Причины быть осмотрительными

Фото: https://theconversation.com/

Как проводился эксперимент, и что обнаружили ученые

Одним из первых выводов о SARS-CoV-2 является то, что он обнаружен в фекалиях инфицированных людей. По мере того, как вирус проникает через кишечник, где он может вызывать желудочно-кишечные симптомы, он теряет свой внешний белковый слой, но кусочки генетического материала, называемого РНК, выживают в целости и сохраняются в виде фекалий. На данный момент, это уже не заразно – насколько нам говорят современные данные.

Но тот факт, что эти фрагменты РНК коронавируса можно найти в неочищенных сточных водах (известных как «приток»), полезен для отслеживания вспышек. Действительно, они могут предсказать, где вспышка может произойти от недели до десяти дней, прежде чем они появятся в официальных цифрах – причина в том, что люди избавляются от коронавируса до того, как симптомы станут очевидными. Эти «предсимптомные» люди должны заболеть достаточно, чтобы пройти тестирование, получить результаты и быть госпитализированы в качестве официального «случая», следовательно, примерно на неделю отставание.

В результате многие страны, включая Испанию, в настоящее время проводят мониторинг сточных вод на наличие следов коронавируса. В этом конкретном исследовании эпидемиологи сточных вод изучали замороженные образцы притока в период с января 2018 года по декабрь 2019 года, чтобы увидеть, когда вирус дебютировал в городе. Они обнаружили признаки вируса 15 января 2020 г., за 41 день до того, как 25 февраля 2020 г. было объявлено о первом официальном случае. Все образцы до этой даты были отрицательными, за исключением образца от 12 марта 2019 г., который дал положительный результат теста ПЦР на коронавирус.

Фото: https://theconversation.com/

ПЦР – это стандартный способ тестирования на наличие заболевания. Он включает в себя получение образцов слюны, слизи, замороженных сточных вод или чего-либо еще, что, как считается, скрывает вирус. Дальше происходит удаление всего ненужного материала из образца, а затем преобразование РНК – единственной цепи генетического материала – в ДНК (знаменитая двухцепочечная спираль). Затем ДНК «амплифицируют» в последовательных циклах до тех пор, пока ключевые фрагменты генетического материала, о которых известно, что они существуют только в конкретном вирусе, не станут достаточно многочисленными, чтобы их можно было обнаружить с помощью флуоресцентного зонда.

Не очень специфичный

В тестировании на коронавирус ученые обычно проводят скрининг более чем одного гена. В этом случае исследователи проверили три. У них был положительный результат для образца марта 2019 года в одном из трех протестированных генов – гене RdRp. Они скринировали две области этого гена, и обе были обнаружены только около 39-го цикла амплификации. (ПЦР-тесты становятся менее «специфичными» с увеличением циклов амплификации. Ученые обычно используют от 40 до 45 циклов амплификации.)

Есть несколько объяснений этому положительному результату. Одним из них является то, что SARS-CoV-2 присутствует в сточных водах на очень низком уровне. Другая причина заключается в том, что тестовая реакция была случайно загрязнена SARS-CoV-2 в лаборатории. Это иногда случается в лабораториях, так как с положительными образцами регулярно обращаются, и может быть трудно предотвратить очень маленькие следы положительного образца, загрязняющего других.

Фото: https://iz.ru/

Другое объяснение состоит в том, что в образце присутствует другая РНК или ДНК, которая достаточно похожа на сайт-мишень теста, чтобы он мог дать положительный результат в 39-м цикле амплификации. Необходимо провести дальнейшие испытания, чтобы сделать вывод о том, что образец содержит SARS-CoV-2, и обнаружение этой величины необходимо будет повторить отдельно в независимых лабораториях.

Причины быть осмотрительными

Любопытно, что этот вывод не согласуется с эпидемиологическими данными о вирусе. Авторы не приводят сообщений о резком увеличении числа случаев респираторных заболеваний среди местного населения после даты отбора.

Кроме того, мы знаем, что SARS-CoV-2 очень хорошо передается, по крайней мере, в его нынешнем виде. Если этот результат действительно положительный, это говорит о том, что вирус присутствовал в популяции с достаточно высокой частотой, чтобы быть обнаруженным в пробе сточных вод объемом 800 мл. Но затем не присутствовать при достаточно высокой частоте, которую можно обнаружить в течение девяти месяцев, когда не проводилось никакого контроля. Таким образом, до тех пор, пока не будут проведены дальнейшие исследования, лучше не делать окончательных выводов.