COVID: насколько мы должны быть обеспокоены новой линией коронавируса AY.4.2?

Как только вы подумали, что все разговоры о новых вариантах COVID закончились, появились новости о еще одном: AY.4.2. Но что это такое, откуда это взялось и стоит ли нам беспокоиться?

AY.4.2 – это то, что называют «родословной». Это ярлыки, присвоенные ветвям эволюционного древа COVID, чтобы проиллюстрировать их родство. За ними наблюдает прилежная сеть Pango, объединенная группа исследователей из университетов Эдинбурга и Оксфорда, которые действуют как хранители родословных и распределяют новые.

Фото: https://profile.ru/

Если мы вернемся к апрелю этого года, мы сможем проследить истоки AY.4.2. Команда ученых в Нортумбрии, работающая в рамках Cog-UK – британского консорциума, который секвенирует геномы образцов COVID, чтобы увидеть, как меняется вирус – только что секвенировала два образца, связанных историей поездок в Индию. В то время было известно, что в Индии циркулирует линия передачи B.1.617, но случаи, которые выбрали исследователи, не соответствовали этому. Варианты отличаются различными мутациями, которые они имеют в своем генетическом материале, и, глядя на мутации в образцах, оказалось, что в этих случаях отсутствовали некоторые из общепринятых мутаций B.1.617, но также были некоторые дополнительные.

То, что исследователи сообщали коллегам из Cog-UK, было классифицировано на следующей неделе как B.1.617.2, одна из трех основных подтипов B.1.617, которая позже была названа Всемирной организацией здравоохранения delta. AY – это еще один эволюционный шаг вперед. Как только маркировка линии становится глубже на пять уровней, начинается новая комбинация букв, чтобы имя не получилось слишком длинным. Таким образом, формы вируса AY не сильно отличаются от того, что было раньше, даже несмотря на то, что их маркировка отличается. Все они являются дочерними линиями дельты.

В настоящее время идентифицировано 75 линий AY, каждая из которых имеет различные дополнительные определяющие мутации в геноме. Пропорциональность одного из них – AY.4 – неуклонно растет за последние несколько месяцев, на него приходится 63% новых случаев заболевания в Великобритании за последние 28 дней.

Есть ли у AY.4 преимущество?

Ученые все еще не уверены, дают ли мутации AY.4 реальное преимущество, или же увеличение частоты клонов просто связано с так называемым «эффектом основателя». Это когда подмножество вирусов отделяется от общей вирусной популяции, а затем воспроизводится изолированно. Таким образом, в области, где находятся отдельные вирусы, все последующие вирусы будут потомками этого подмножества.

С COVID это могло произойти из-за единственного случая на большом мероприятии. Этот единственный вирус был бы «основателем», единственным вирусом, распространяющимся на мероприятии. Если он заразил значительное количество людей, которые позже заразили других, это могло быстро создать большое количество вируса одного и того же происхождения. Иногда, чтобы одна форма вируса преобладала, она не должна быть лучше других – она ​​просто должна быть в нужном месте в нужное время. Но, учитывая рост доминирования, AY.4 вполне может иметь избирательное преимущество. Определяющим изменением в AY.4 является мутация A1711V, влияющая на вирусный белок Nsp3, который играет ряд ролей в репликации вируса. Однако влияние этой мутации неизвестно.

Фото: https://ria56.ru/

Это подводит нас к AY.4.2 – дочерней линии AY.4 – которая впервые была отмечена в конце сентября, хотя, похоже, она появилась примерно в июне. Он определяется двумя дополнительными генетическими мутациями, Y145H и A222V, которые влияют на спайковый белок. Белка шип является ключевой частью внешней поверхности вируса, и является частью ее структуры, что она использует, чтобы проникнуть внутрь клетки. Объем AY.4.2 неуклонно рос до такой степени, что теперь на него приходится около 9% случаев за последние 28 дней.

Но также неясно, дают ли эти две мутации вирусу избирательное преимущество. A222V ранее был замечен в прошлом году в линии B.1.177, которая, вероятно, возникла в Испании, а затем распространилась по Северной Европе, скорее всего, отдыхающими. В то время многие скептически относились к тому, что A222V дает преимущество. Действительно, распространение вируса, получившего название AY.4.2, похоже, произошло только после того, как он приобрел мутацию Y145H.

Эта мутация находится внутри «антигенного суперсайта» белка-шипа – части белка, которую антитела часто распознают и нацелены. Эта часть белка-шипа уже была однажды модифицирована мутацией в генетическом материале дельты, и что это, возможно, способствует большей способности дельты избегать иммунитета, поскольку в результате антителам труднее нацеливаться на нее. Тем не менее, исследование, изучающее это, все еще находится в препринте, а это означает, что оно еще не прошло формальную проверку, поэтому мы должны относиться к его результатам с осторожностью. Но поэтому возможно, что мутация Y145H может дать вирусу еще большую способность избегать иммунитета, сделав этот суперсайт менее узнаваемым для антител.

Контраргумент состоит в том, что, несмотря на внедрение в нескольких европейских странах, AY.4.2 не смог прижиться, выпав из поля зрения Германии и Ирландии, хотя в Дании он все еще остается. Это говорит о том, что его способность обойти иммунитет не выше, чем у дельты. Точно так же могло случиться так, что в эти места прибыло недостаточно AY.4.2, чтобы он прижился.

На самом деле, еще слишком рано говорить, является ли это началом следующей доминирующей линии передачи. Любая его способность избавляться от иммунитета должна быть подтверждена экспериментальной работой. Однако очевидно, что это появление показывает, что существует постоянная потребность в геномном надзоре за вирусом.